生态遗传学（Ecological Genetics）是一门结合群体遗传学与生态学的遗传学分支，专注于研究生物群体如何适应生存环境及其对环境变化的遗传响应机制。该学科的研究对象涵盖了多种生物学问题，对于进化遗传学、群体遗传学、数量遗传学及动植物、微生物育种等领域的发展有着重要意义。
生态遗传学的历史可以追溯至20世纪30年代，当时罗纳德·费雪、J. B. S. 霍尔丹、S.赖特等人通过运用数学工具开展的理论群体遗传学研究，以及40至50年代T.多布然斯基、C.H.沃丁顿等人针对昆虫进行的实验群体遗传学研究为其奠定了基础。1963年在荷兰海牙举行的第11届国际遗传学大会首次举办了生态遗传学的学术研讨会。1964年，E.B.福特发表了《生态遗传学》一书，标志着该学科已成为独立的遗传学分支。1988年在多伦多举办的第16届国际遗传学大会上，不仅讨论了生态遗传学，还涉及了应激遗传学，这标志着从分子层面研究生态遗传学的开端。
包括形态变异、核型变异、酶谱和DNA指纹变异。
涵盖环境变异的一般作用、可塑性和反应规范（Reaction Norm）、遗传稳态（Genetic Homeostasis）以及遗传平衡定律。
包含突变和等位基因频率的改变、突变率的估计、重组、重组与遗传体制以及突变和重组的进化意义。
涉及自然选择进化理论的必要条件、选择的基本模型、突变和选择的平衡、自然选择和适应。
包括大陆-岛屿模型、一般模型、基因流动和突变的关系、基因流动和选择。
阐述了随机遗传漂变的作用、有效种群大小以及进化要素的联合效应。
涵盖突变负荷、分离负荷、置换负荷。
讨论了亚种群和Wahlund公式、自体受精卵、近交系数、谱系近交系数、近交与选择。
介绍了数量性状的性质、数量性状的遗传模型、估计遗传方差和遗传率。
包含了指数增长、逻辑斯谛增长、密度。
探讨了密度制约死亡、非密度制约死亡。
论述了生殖力表和存活表、种群统计范围（净置换率、世代长度和稳定的年龄分布、瞬时增长率、预期寿命、生殖值）。
解释了选择的生态学模型（频率制约选择、密度制约选择）、种群统计遗传学（Demographic Genetics）（合子选择、性选择、配子选择、生殖力选择）、生活史式的进化（r和k对策生活史式样、C、S和r对策生活史式样）。
描述了理论模型、自然种群间的捕食作用、灭绝。
阐释了种间竞争能力和性状置换（Character Displacement）、捕食者和猎物的进化、互惠共生现象、红皇后假说（Red Queen Hypothesis）。
探讨了作为表型特征的行为、行为的适应性、行为的遗传率、社会行为、家系选择和集团选择。
分析了杂合有利性、频率制约选择、强制异体受精、相反的选择压力、减数分裂比偏移（Meiotic Drive）、性比、时空异质性、自然种群的遗传结构。
讲述了杂交的作用、渗入杂交的实例、杂交与多倍体和无融合生殖、预适应和适应。
讨论了地理变异、生态型、渐变群、多态现象和多型现象。
阐明了种的定义、隔离机制、生殖隔离的起源、进化式样。
解析了遗传体制的进化。
详细说明了异地物种形成（Allopatric Speciation）、邻地物种形成（Parapatric Speciation）、同地物种形成（Simpatric Speciation）。
提出了分子变异的维持理论。
列举了相关理论的证据。
介绍了分子钟。
阐述了系统树。
生态遗传学的研究方法多样，主要包括数学与统计学方法、野外群体研究方法、实验室群体研究方法、计算机模拟以及分子遗传学方法。其中，数学与统计学方法用于分析群体中基因频率和基因型分布的变化；野外群体研究方法则通过标记重捕法等技术了解动物数量和活动范围；实验室群体研究方法可用于观察群体适应度和基因频率的变化；计算机模拟能够模拟长时间跨度下的遗传变化；分子遗传学方法则从分子水平探索生态遗传学。
生态遗传学的研究内容丰富，包括适应的起源、自然群体的多态现象、家养条件下物种的进化、对逆境的反应、物种迁移的影响以及新环境下人类进化的趋势。这些研究有助于理解生物多样性、物种形成以及应对环境变化的能力。
生态遗传学的应用领域广泛，涉及到理论性问题如适应的起源、种内趋异的原因、自然种群中遗传变异的性质、作用和维持，以及实践性问题如动植物的引种驯化、育种选种、林业、渔业和野生动植物的管理。随着现代环境的快速变化，生态遗传学的重要性日益凸显。