1949年9月25日新疆和平解放，1950年1月1日新疆省高级人民法院成立，1955年新疆维吾尔自治区成立，新疆省高级人民法院随之改称新疆维吾尔自治区高级人民法院。
新疆共设置法院159个（地方法院115个、兵团法院44个），其中高级人民法院1个，高级人民法院分院2个（兵团分院、伊犁州分院），中级人民法院27个（地方13个、铁路1个、兵团13个），基层人民法院129个（地方96个、铁路3个、兵团30个）。
办公室
政治部（含组织人事处、法官管理处、宣传教育处、机关党委）
立案庭
刑事审判第一庭
刑事审判第二庭
刑事审判第三庭
民事审判第一庭
民事审判第二庭
民事审判第三庭
行政审判庭
赔偿委员会办公室
审判监督第一庭
审判监督第二庭
审判监督第三庭
审判监督第四庭
执行局（含执行一庭、执行二庭、执行三庭）
研究室（少年审判庭）
司法警察总队
信息技术处
司法行政装备管理处
督查局
老干部工作处
翻译处
审判管理办公室（审判委员会办公室、环境资源审判庭）
代表委员联络处
涉诉信访办公室
新疆法官培训中心
机关服务中心
新疆维吾尔自治区高级人民法院主要职能包括：
1、依法审判法律规定由高级人民法院管辖的刑事、民事、行政等第一审案件。
2、依法审判法律规定由高级法院管辖刑事、民事、行政等第二审案件。
3、依照法律规定复核死刑案件。
4、审理最高人民法院指定再审的案件和本院管辖的其他再审案件。
5、审判最高人民法院交由审判的刑事、民事、行政案件。
6、依法行使司法执行权和司法决定权，对下级人民法院的执行案件进行业务上监督、指导和工作上的统一协调、指挥。
7、依法决定国家赔偿。
8、调查研究审判工作中的法律政策及疑难问题，总结审判经验；对相关法律法规草案提出司法建议。
9、领导全区人民法院的监察工作。
10、组织、指导全区法院的队伍建设、思想政治、教育培训、法制宣传、司法行政事务等工作。
新疆维吾尔自治区级精神文明单位。
2020年1月，最高人民法院授予新疆维吾尔自治区高级人民法院刑事审判第三庭“全国法院先进集体”称号。
2020年11月，《中央文明委关于表彰第六届全国文明城市、文明村镇、文明单位和第二届全国文明家庭、文明校园及新一届全国未成年人思想道德建设工作先进的决定》表彰为“第六届全国文明单位”。
新疆维吾尔自治区高级人民法院.新疆诉讼服务网.2022-08-03
新疆高级人民法院内设机构.新疆法院网.2022-08-03
全国法院先进集体名单.全国法院切实解决执行难信息网.2022-08-03
[一分钟政法新闻] 喜报！新疆四家政法单位荣获“第六届全国文明单位“称号.长安新疆-澎湃新闻.2022-08-03