2001年2月按照国务院国办通（2000）10号文精神，改组为国有股份制企业，股东为中煤能源集团公司和山西焦煤集团有限责任公司，各持50%的股份。公司的主要任务是开发山西河东煤田的离柳矿区和乡宁矿区，技术开发与服务，电力生产等。公司拥有丰富的优质煤炭资源，属于国家明确规定的“两区一种”保护性开发资源。
2016年12月11日，华晋焦煤有限责任公司的近距离突出煤层群稀缺资源安全开发与利用项目获得第四届中国工业大奖。
华晋焦煤有限责任公司成立于1992年，由原国家计委、能源部和山西省政府联合组建，国务院生产办公室批准成立。2001年按照国务院国办通（2000）10号文精神，改组为国有股份制企业，股东为中煤能源集团公司和山西焦煤集团有限责任公司，各持50%的股份。
公司紧紧抓住当前国家高度重视能源工业发展的战略机遇，全面建设沙曲工业园区、王家岭工业园区、煤层气开发利用工业园区、明珠煤化工工业园区等四大工业园区，制定了“33158”中长期发展战略：即坚持讲团结、讲责任、讲奉献，保安全、保效益、保发展的“三讲三保”创业精神，高起点、高标准、高效益的发展思路，到2015年原煤总产能达到3000万吨，原煤入洗能力达到3000万吨，发电100亿度，冶金焦生产100万吨，利润总额突破50亿元，职工人均收入达到8万元/年以上，建设安全高效和谐发展的现代化精品焦煤企业。
华晋焦煤有限责任公司拥有丰富的优质煤炭资源，属于国家明确规定的“两区一种”保护性开发资源。离柳矿区井田面积512.9平方公里，地质储量76.81亿吨，可采储量35.01亿吨，煤种主要为低灰、低硫、特低磷、高发热量、强粘结性的优质主焦煤。乡宁矿区井田面积180平方公里，地质储量23.42亿吨，可采储量10.36亿吨，煤种主要为中灰、低硫、特低磷的优质瘦煤，是极好的炼焦配煤。沙曲矿生产的煤炭被誉为“中华瑰宝”。
华晋焦煤有限责任公司下设二十八个职能处室；
物资供应公司
公共事业管理公司
太原办事处
北京办事处
煤炭销售公司
离柳矿区指挥部
临汾分公司
贸易分公司
沙曲矿
沙曲选煤厂
沙曲瓦斯发电厂
王家岭矿
王家岭选煤厂
明珠矿
吉宁矿
韩咀矿
华晋焦煤吉县安全培训中心
华晋煤层气综合开发利用有限公司
山西华晋韩咀焦煤有限责任公司
山西华晋明珠焦煤有限责任公司
山西华晋华宁焦煤有限责任公司
山西华晋吉宁焦煤有限责任公司
山西华晋吉州能源有限责任公司
山西华晋寨疙塔能源有限责任公司
石太铁路客运专线有限责任公司
山西汾河焦化股份公司
沙曲矿井是公司在离柳矿区建设的第一对矿井，位于吕梁市柳林县境内，井田面积约135平方公里，地质储量22.52亿吨，可采储量12.76亿吨。矿井设计生产能力初期300万吨/年，后期改扩建到800万吨/年。2004年11月设计生产能力300万吨/年的一期工程建成投产。该矿井装备了国内先进的大采高综采设备，采用了国内最先进的皮带运输系统、辅助运输提升系统、综合信息化系统和全数字控制技术，安装了国内一流、国际领先的瓦斯抽放、监测监控系统，制定了科学完善的管理制度，实现了安全生产和持续稳定发展。
沙曲矿是国内少有的煤与瓦斯突出矿井，为了实现安全生产和瓦斯综合利用，公司采取“煤气同采、采气重于采煤”的综合措施，设立了瓦斯研究所，被作为山西焦煤的瓦斯研究治理基地；一期14MW的瓦斯发电厂已投产发电，二期62MW也正在建设中；沙曲矿一矿变两矿改扩建项目已经国家能源局批准同意开展前期工作，项目建成后将达到800万吨/年生产能力。该矿正按照国家级瓦斯治理示范矿井的建设标准，向着“安全高效型、本质安全型、基础管理精细化、技术装备现代化、人员培训制度化”的“两型三化”矿井稳步推进。
沙曲选煤场是沙曲矿井的配套项目，采用脱泥有压重介旋流器等先进工艺，主要设备从澳大利亚进口。沙曲选煤厂生产的主导产品为10级炼焦精煤，主要销往宝钢、鞍山钢铁集团、莱钢股份、马钢股份等国内知名钢铁企业，畅销全国20多个省、市、自治区，并出口日本、韩国等国家。
华晋焦煤有限责任公司的主要任务是开发建设山西河东煤田的离柳矿区和乡宁矿区，建设大型、特大型矿井和选煤厂。经营煤炭开采、加工、销售（原煤、精煤、冶金焦及副产品），矿用设备修理，技术开发与服务，电力生产，酒店餐饮服务。
华晋焦煤公司自1988年12月开始组建，公司的股东和管理层多次变化。
1988年12月，国家计委、能源部、国务院以煤代油专用资金办公室联合成立华晋焦煤公司筹备组。
1989年8月，国家计委、能源部、山西省人民政府联合下文将中国华能焦煤公司筹备组改为华晋焦煤企业集团筹备组。
1991年11月，经国务院生产办公室批准，华晋焦煤企业集团筹备组改为华晋焦煤公司。由国家计委、能源部、山西省人民政府三方出资，共同领导，归口能源部管理。
1992年2月，华晋焦煤公司在国家工商局登记注册，正式成立。
1993年5月，因能源部撤销，华晋焦煤公司归口煤炭部管理。
1998年3月，煤炭部撤销，华晋焦煤公司暂时由国家煤炭管理局管理。
1999年1月，根据国家计委、财政部计投资[1998]815号、计投资〔1999〕395号和财基字[1999]1155号、财基〔2000〕157号，原华晋焦煤公司使用的中央基本建设经营性基金转为国家资本金和煤炭部所持股份让给中国煤炭建设集团公司。国家计委放弃在华晋焦煤公司的股份，退出华晋焦煤公司。
2000年10月24日，按照国务院国办通[2000]10号文精神，华晋焦煤公司改组为国有股份制企业，更名为华晋焦煤有限责任公司，股东为西山煤电（集团）有限责任公司和中煤能源建设集团公司，各持50%的股份。
2001年2月28日，中煤建设集团、西山煤电集团在沙曲矿召开华晋焦煤有限责任公司成立大会。
2001年10月16日，山西焦煤集团有限责任公司成立后，股东由西山煤电（集团）有限责任公司变更为山西焦煤集团有限责任公司。
2003年7月1日，中国中煤能源集团公司成立后，股东由中煤建设集团公司变更为中国中煤能源集团公司。
2006年8月22日，中国中煤能源Inc.成立后，股东由中国中煤能源集团公司变更为中国中煤能源股份有限公司。
2011年4月2日，根据山西省人民政府办公厅《关于协调理顺华晋焦煤公司和王家岭煤矿产权关系及安全生产管理责任会议纪要》会议精神，对华晋焦煤有限责任公司进行分立，并对两股东股份作出相应调整，新组建的山西中煤华晋能源有限责任公司由中国中煤股份有限公司控股51%，山西焦煤集团有限责任公司持股49%，系国有股份制企业。存续的华晋焦煤有限责任公司由山西焦煤集团公司控股51%，中煤能源Inc.持股49%，系国有股份制企业。
2011年8月5日签署了华晋公司分立协议；2011年9月8日完成了山西中煤华晋能源有限责任公司在山西省工商行政管理局登记注册和华晋焦煤有限责任公司的变更登记；2011年9月29日，组织选送了84名管理人员分流到中煤华晋能源有限责任公司工作。
华晋焦煤有限责任公司分立的基准日为2011年3月31日，9月30日分立工作结束。
1989年11月20日，经山西省人民政府批准成立华晋吕梁焦煤公司，属大型二类企业。1990年12月20日，设立办公室、计划处、财务处、生产经营处、基建处、技术处。
1995年8月22日，根据华晋人[1995]第086号文件通知，吕梁公司实行一级管理。原沙曲矿井项目经理部撤销，人员并入吕梁公司。吕梁公司下设：办公室、调度室、总工办公室、计划处、施工管理处、机电设备处、预算合同处、供应处、通风处、财务处、人事劳动工资处等11个处（室）。原吕梁公司供销公司的供应业务划归供应处，煤炭运销业务由总部运销公司直接管理。继续设置矿区工程质量监督站；增设安全监察局，由吕梁公司和上级主管单位双重领导。
2001年3月8日，华晋焦煤有限责任公司机关设生产技术部、通风安全部、基本建设部、计划财务部、煤炭加工销售部、政工部、综合部。经公司董事会研究，设立董事会秘书处。
2001年6月3日，经华晋焦煤有限责任公司5月29日董事会研究决定：撤销煤炭加工销售部，设立煤炭销售公司；设立沙曲选煤厂；设立生活后勤服务部。
2001年6月6日，设立中共华晋焦煤有限责任公司纪律检查委员会。
2002年1月31日，经华晋焦煤有限责任公司董事会研究，成立沙曲矿。
2003年3月19日，根据华晋焦煤有限责任公司《章程》规定，董事会研究决定，组织机构设置为：1、公司机关设13个职能部门：党政办公室、董事会秘书处、人事处、计划处、财务处、生产技术处、基本建设处、安全监察局、组织宣传部、纪委、工会、团委、保卫处；2、机关直属单位：销售公司、物资供应公司、生活服务公司、北京办事处、太原办事处、沙曲项目外投资清理办公室；3、二级单位：沙曲矿、沙曲选煤厂、王家岭筹备处。
2003年4月13日，公司成立沙曲矿建设指挥部。
2003年8月30日，华晋焦煤有限责任公司卫生防疫站成立，和医院合署办公，为公司直属单位。
2005年7月26日，根据华晋焦煤发[2005]92号文件通知，成立离石基地管理服务中心。
2006年1月12日，根据华晋焦煤发[2006]4号文件，华晋焦煤有限责任公司组织机构设置为：公司机关设12个职能部门：党政办公室、人事处、计划处、财务处、法律审计处、安全监察局、生产技术处、通风处、基本建设处、党委工作部、纪委（监察）处、工会；直属单位4个：供应公司、事业公司、北京办事处、太原办事处；二级单位5个：离柳矿区建设指挥部、王家岭矿区建设指挥部、煤炭销售公司、沙曲矿、沙曲选煤厂。
2006年1月23日，根据华晋焦煤党发[2006]3号文件通知，党委工作部与纪委（监察处）合署办公。
2006年3月22日，根据华晋焦煤发[2006]52号文件通知，成立公司档案馆，挂靠在党政办公室。
2006年10月12日，根据华晋焦煤发[2006]228号文件通知，设立煤炭工业华晋焦煤建设工程质量监督站，挂靠公司基本建设处，下设离柳矿区分站和王家岭矿区分站。
2007年5月8日，根据华晋焦煤发[2007]96号文件通知，成立沙曲瓦斯发电厂。
2007年5月8日，根据华晋焦煤发[2007]97号文件通知，成立金源酒店。
2007年7月3日，根据华晋焦煤发[2007]149号文件通知，成立贸易分公司，为华晋焦煤有限责任公司二级单位。
2008年1月15日，根据华晋焦煤发[2008]22号文件通知，成立瓦斯综合治理研究所，属公司直属单位。
2008年3月31日，根据华晋焦煤发[2008]72号文件通知，成立北京办事处。
2008年3月31日，根据华晋焦煤发[2008]73号文件通知，成立华晋煤层气综合开发利用有限责任公司，为子公司。
2009年1月12日，根据华晋焦煤党发[2009]5号文件通知，成立资源整合办公室，为公司直属单位。
2009年11月2日，根据华晋焦煤发[2009]323号文件通知，成立华晋临汾煤业公司，为下属分公司，撤销资源整合办公室。
2009年11月15日，成立山西华晋吉宁煤业有限责任公司，为华晋公司控股公司。
2010年1月17日，根据华晋焦煤发[2010]14号文件通知，成立华晋焦煤有限责任公司临汾分公司，为华晋公司下属分公司；撤销华晋临汾煤业公司。
2010年1月15日，根据山西焦煤集团有限责任公司党政任免字[2010]4号文件通知，华晋焦煤有限责任公司机构整体升格，为煤矿子公司正职级单位。
2010年2月5日，成立山西华晋明珠煤业有限责任公司，为华晋公司控股公司。
2010年3月8日，根据华晋焦煤党发[2010]10号文件通知，纪委（监察处）下设办公室、案件检查室、案件审理室、廉政教育室、效能监察室。案件审理室、廉政教育室与办公室合署办公。
2010年5月9日，根据华晋焦煤党发[2010]17号文件通知，成立地质测量处、机电处；安全监察局原下设科室撤销，成立综合处、安全监察处、技术处、资源整合安全监察处；成立公用事业管理总部，下设环保部、职业卫生管理部、后勤管理部，公用事业公司下设机构撤销；成立职工教育中心，为准处级建制，挂靠人事处；成立资源整合领导组驻临汾办事处，与临汾分公司合署办公。
2010年7月31日，根据华晋焦煤党发[2010]41号文件通知，撤销党委工作部，成立党委组织部和党委宣传部，均为正处级建制；原党委工作部的党组织和党员队伍建设业务、人事处的领导班子建设和干部队伍建设、人才队伍建设业务划归党委组织部，原党委工作部其它业务划归党委宣传部。
2010年10月11日，成立山西华宁焦煤有限责任公司，为华晋公司控股公司。
2011年4月2日，根据华晋焦煤党发[2011]19号文件通知，人事处社保中心业务划入公用事业管理分公司保险公司管理；职工教育中心不再挂靠人事处，按直属单位管理；成立公用事业管理分公司，为公司二级单位，撤销原公用事业管理总部及下设机构；环保部从公用事业管理总部划出，按公司机关部门管理。
2011年5月27日，成立山西华晋韩咀煤业有限责任公司，为华晋公司全资子公司。
2011年10月7日，经山西焦煤集团有限责任公司党政联席会研究决定：华晋焦煤煤炭销售公司、贸易分公司整体划归山西焦煤销售公司和山西焦煤国际贸易发展公司。
2013年4月12日，根据华晋焦煤党发【2013】11号文件通知，1，撤销法律审计处，成立审计处、法律事务处均为正处级建制。2，成立社会保障事务管理中心，退休人员管理中心，均按公司直属单位管理，正处级建制。
2013年5月10日，根据华晋焦煤党发【2013】19号文件通知，成立华晋焦煤吉县安全培训中心。
乡宁矿区的王家岭煤矿项目（煤矿600万吨/年、选煤厂600万吨/年、综合利用电厂2×5万KW、铁路专用线9.2公里）为山西省“十一五”重点工程，是国家和山西省煤炭工业循环经济示范园区。2005年8月经中华人民共和国国家发展和改革委员会核准。2007年4月，项目主平峒开工。2008年9月选煤厂、综合利用电厂、铁路专用线全面开工建设。项目建设坚持“一流的设计，一流的工艺，一流的设备，一流的管理”的原则，努力建成让设计人得心、审批人放心、施工人安心的示范工程。严格执行国家环境保护法规和“三同时”制度，充分考虑自然生态系统的承载能力，高度重视煤炭资源的保护性开发，大力推行循环经济，实施清洁生产和资源综合利用，努力实现经济效益、环境效益和社会效益最大化，建成国内一流、国际领先、高产高效的特大型现代化矿区。
王家岭煤矿
王家岭煤矿项目是经中华人民共和国国家发展和改革委员会核准（发改能源1563号），国务院第100次常务会议批准，由华晋焦煤有限责任公司投资开发的国家和山西省重点项目。王家岭煤矿是华晋焦煤有限责任公司在乡宁矿区建设的第一对矿井，位于乡宁县和河津市境内，井田面积约180km2，地质储量23.42亿吨，可采储量10.36亿吨，主要开采2号煤、10号煤，其中2号煤平均厚度6.5米。煤种为中灰、低硫、特低磷的优质瘦煤，是极好的炼焦配煤。
王家岭煤矿项目是由设计生产能力600万吨/年的矿井、入洗原煤600万吨/年的选煤厂、2×5万千瓦的综合利用电厂（热电联供）和铁路专用线构成的循环经济综合建设项目。
（一）矿井
矿井主付井均采用12240m长的平硐开拓，主平硐铺设胶带输送机输煤，副平硐采用无轨胶轮车进行辅助运输，采煤工艺为综采放顶煤，掘进选用连续采煤机综掘，通风方式为中央并列抽出式通风。2009年10月竣工投产，2010年实现600万吨原煤生产能力。
（二）选煤厂
选用无压三产品重介旋流--小直径重介旋流--浮选联合分选工艺。设备运转实行计算机管理，自动化集中控制。用人少，技术含量高。主要产品为九级、十级瘦精煤。2009年竣工。
（三）综合利用电厂
采用220吨/小时循环流化床锅炉两台，配两台5万千瓦空冷发电机组，电厂燃料采用原煤洗选后的煤泥、中煤能源和矸石，电厂实行热电联供，年发电量约6亿度，热电产品立足于"自发自用，多余外供"。2009年竣工。
（四）铁路专用线
由国铁侯西线上清涧工业站接轨，路线长度为9.3km，初步设计商品煤外运量为420万吨/年。2008年7月竣工。
项目建成投产后，年平均实现利税总额10亿元左右，全部投资回收期6.27年。
山西焦煤集团公司、中煤能源集团公司作为股东对该项目全力支持，并要求王家岭矿区实现全封闭洁净化生产。王家岭煤矿项目将坚持走新型工业化道路，坚持"一流的设计、一流的工艺、一流的设备、一流的管理"，遵循市场经济规律，以经济效益为中心，坚持"小业主、大监理"的原则，按新企业、新体制、新机制和高标准、高效率、高效益组织建设，力争把王家岭煤矿建设成为具有国内一流、国际先进水平的安全高效大型现代化矿井。
华晋焦煤志.新浪读书.2014-02-05