1994年7月通过的宪法规定，摩尔多瓦是一个主权、独立、统一和不可分割的国家，坚持政治多元化条件下的民主，实行总统制、三权分立，公有和私有制并存。自摩尔多瓦1991年独立后，前两位总统均为全民直选产生。2000年7月通过的宪法修正案规定，摩尔多瓦由原来的半议会制共和国改为议会制共和国，将总统的产生方式由全民普选改为议会投票选举，总统在国家事务中的权力被削弱。
摩尔多瓦是议会共和制国家，总统由大选后产生的新议会选出。根据宪法，总统候选人必须获得议会101名议员中至少61人支持才能当选总统。如果两次选举总统失败，议会将被解散并提前举行大选。自2009年4月初换届选举以来，摩尔多瓦已两次提前举行大选。
2016年3月4日，摩宪法法院决定恢复全民投票选举总统制度。
2001年，摩尔多瓦共产党人党主席弗拉迪米尔·沃罗宁当选为总统。2005年3月，摩共再次在议会选举中获胜。弗拉迪米尔·沃罗宁再次当选为摩总统。
伊戈尔·多东于2016年11月14日当选为摩尔多瓦新总统。
摩尔多瓦当地时间11月13日举行总统选举第二轮投票，社会主义者党候选人多东以52.18%的得票率战胜得到右派力量支持的马娅·桑杜赢得总统选举。摩尔多瓦宪法法院于12月13日裁定上月举行的总统选举结果有效，对伊戈尔·多东的当选总统资格予以确认。根据宪法，选举结果得到宪法法院确认后，当选总统应在举行选举后45天内向议会和宪法法院宣誓就职。总统任期为4年，任期从宣誓之日起开始。
2020年11月20日，摩尔多瓦中央选举委员会确认马娅·桑杜赢得总统选举，她在胜选后表示，自己将寻求让俄罗斯军队从摩领土上全部撤离。
1、米尔恰·扬·斯涅古尔（Mircea Snegur）1990年9月3日—1997年1月15日 无党派
2、彼得罗·卢钦斯基（Petru Lucinschi）1997年1月15日—2001年4月7日 摩尔多瓦农民党
3、弗拉迪米尔·沃罗宁（Vladimir Voronin）2001年4月7日—2009年9月11日 摩尔多瓦共产党人党
代总统 米哈伊·金普（Mihai Ghimpu）2009年9月11日—2010年12月28日 自由党（欧洲一体化联盟）
代总统 弗拉德·费拉特（Vlad Filat）2010年12月28日—2010年12月30日 摩尔多瓦自由民主党（欧洲一体化联盟）
代总统 马里安·卢普（Marian Lupu）2010年12月30日—2012年3月23日 摩尔多瓦民主党（欧洲一体 化联盟）
4、尼古拉·蒂莫夫蒂（Nicolae Timofti）2012年3月23日—2016年12月27日 无党派
5、伊戈尔·多东（Igor Dodon）2016年12月27日—今 社会主义党
摩尔多瓦新总统就职 结束三年无正式总统局面.网易新闻.2018-04-27
社会主义者党候选人多东当选摩尔多瓦总统.环球网.2018-04-27
摩尔多瓦新当选总统：俄罗斯维和部队应完全撤出摩领土_澎湃国际_澎湃新闻-The Paper.澎湃.2020-11-27